Theo Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Đồng Nai, tỉnh Đồng Nai hiện có 1.748 trang trại chăn nuôi có biện pháp xử lý chất thải chăn nuôi (đạt tỉ lệ 90,99%).
Với các trang trại có quy mô lớn, chất thải rắn được thu gom và xử lý bằng các hình thức như: ủ phân, ủ compost, sơ chế phân, sử dụng máy ép phân; về nước thải được xử lý bằng phương pháp lý – sinh – hóa kết hợp; khí thải, nhất là mùi hôi được các trang trại giảm thiểu bằng sử dụng chế phẩm sinh học, trồng cây xanh quanh trại… đáp ứng các quy định trước khi thải ra môi trường.
Các trang trại có quy mô nhỏ sẽ chủ yếu xử lý chất thải bằng biogas hoặc đệm lót sinh học. Công tác quản lý môi trường được thực hiện thông qua một số hình thức như: xây dựng, giám sát các cơ sở, vùng an toàn dịch bệnh, quy trình thực hành sản xuất tốt (VietGAP).
Với mục tiêu hướng tới sản xuất nông nghiệp bền vững, đến nay, tỉnh Đồng Nai đã có 255 cơ sở chăn nuôi đã được UBND tỉnh phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường, 95 cơ sở chăn nuôi cam kết bảo vệ môi trường, có 7.684 công trình khí sinh học để xử lý chất thải chăn nuôi.
Về thu gom và xử lý mùi hôi, khí thải hầu hết các trại chăn nuôi có lắp đặt các quạt hút tại các dãy chuồng trại để hút khí thải (mùi hôi) trong chuồng trại thải ra môi trường, đồng thời trồng cây xanh cách ly sau các dãy quạt hút, hạn chế mùi hôi phát sinh.
Về quản lý chất thải rắn thông thường, chất thải nguy hại, các trại chăn nuôi thực hiện hợp đồng với đơn vị có chức năng để vận chuyển và xử lý.
Tuy nhiên, kết quả khảo sát công tác bảo vệ môi trường tại 4 trang trại chăn nuôi, ghi nhận hiện trạng về các biện pháp bảo vệ môi trường của 135 cơ sở cho thấy việc tuân thủ các quy định về bảo vệ môi trường trong chăn nuôi vẫn chưa đảm bảo. Nhiều trang trại vừa và nhỏ thường xử lý chất thải chưa đảm bảo theo quy định hoặc không xử lý.
Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Đồng Nai cũng đã có các biện pháp hướng dẫn, bắt buộc các trang trại chăn nuôi nghiêm túc thực hiện theo đúng tiêu chuẩn về xử lý chất thải ngành chăn nuôi, đảm bảo không ảnh hưởng đến môi trường xung quanh.